A FETCESP coordena ações de comissões de trabalho formadas por empresários e assessorias jurídica e técnica especializadas. 

Os grupos participam de discussões sobre infraestrutura de transporte, privatização e concessão de rodovias, pedágios, terminais de cargas, carga tributária, legislação trabalhista, roubo e desvio de cargas, multimodalidade, poluição veicular, legislação de trânsito e transporte de produtos químicos (perigosos), entre outros temas. 

Os Sindicatos Regionais ligados a FETCESP participam ativamente em todas as ações das comissões.